Limitado lamang ang operasyon ng Pasig River ferry na ipinatupad bilang alternatibong transportasyon.
Ito ay sa gitna ng lumalala pang traffic sa Metro Manila.
Sa ngayon ay meron lamang 2 ferry ang gumagana mula sa kabuuang7 ferry.
Dahil dito, mula Guadalupe hanggang Santa Ana terminal lamang ang madadaanan.
Hindi kasama ang mga terminal sa PUP, Lawton at Escolta.